自中国境外港口进入境内港口的船舶（以下简称应税船舶），应当缴纳船舶吨税。

船舶吨税实行定额税率，分为优惠税率和普通税率两种：

（1） 优惠税率：

1）中国国籍的应税船舶；

2）船籍国（地区）与中国签订含有相互给予船舶税费最惠国待遇条款的条约或者协定的应税船舶。

（2） 普通税率：

除了适用优惠税率的船舶之外的其他应税船舶，适用普通税率。

船舶吨税按照船舶净吨位和吨税执照期限征收。净吨位是指船籍国（地区）政府授权签发的船舶吨位证书上标明的净吨位，申报纳税时，可从《吨税税目税率表》选择申领一种期限的吨税执照。具体计算公式为：
应纳税额 = 船舶净吨位 x 定额税率 （元）
* 拖船和非机动驳船分别按相同净吨位船舶税率的50%缴纳税款。

（1）直接优惠。下列船舶免征船舶吨税：

1） 应纳税额在人民币50元以下的船舶；

2） 自境外以购买、受赠、继承等方式取得船舶所有权的初次进口到港的空载船舶；

3） 吨税执照期满后24小时内不上下客货的船舶；

4） 非机动船舶（不包括非机动驳船）；

5） 捕捞、养殖渔船；

6） 避难、防疫隔离、修理、终止运营或者拆解，并不上下客货的船舶；

7） 军队、武装警察部队专用或者征用的船舶，警用船舶；

8） 依法应当予以免税的外国驻华使领馆、国际组织驻华代表机构及其有关人员的船舶；

9） 国务院规定的其他船舶。

（2） 延期优惠。在吨税执照期限内，应税船舶发生下列情形之一的，海关按照实际发生的天数批注延长吨税执照期限：

1） 避难、防疫隔离、修理、改造，并不上下客货的船舶；

2） 军队、武装警察部队征用的船舶。