依台湾《职业安全卫生法》规定，雇主有义务对在职劳工应施行一般健康检查，若是从事特别危害健康作业者的劳工，或是其他政府指定的特定对象，也须进行指定项目的健康检查，对于上述健检结果，雇主应保存检查纪录，并负担健康检查费用。

而在税务的处理上，雇主负担在职员工的定期健康检查、特殊健康检查的费用，可以免列入员工薪资所得，不会对员工增加纳税负担，但是支付给特约医疗机构的健检费用，就要依支付对象性质，办理扣缴及凭单申报，处理方式大致分为三类：

首先，给付对象为公立医院时，雇主可以不必办理扣缴税款，也免填报扣缴凭单，这是最单纯的模式。
第二，若是找私立的财团法人医院、社团法人医院办理健检，这部分也同样不必扣缴所得税，但因为对象为民间单位，因此须在给付年度来年1月底前，向稽征机关列单申报扣缴凭单，所得类别选择「其他所得」 。
若非上述二类，第三类情形即是找一般医院、医事检验所、诊所合作。这些单位跟政府、非营利团体不同，属于台湾《所得税法》当中所规定的执行业务者。因此，雇主在给付执业单位的劳务报酬时，应于给付时依规定扣缴率扣缴税款；后续亦有列单申报的义务，应于来年1月底前，向稽征机关办理扣缴凭单申报，所得类别选择「执行业务所得」。

综上所述整理如下表格：

	给付时扣缴	来年1月底前申报	所得类型
公立医院	免	免	N/A
私立的财团法人医院、私立的社团法人医院	免	要	其他所得
一般医院、医事检验所、诊所	要	要	执行业务所得